日本郵船、川崎汽船と並ぶ日本の３大海運会社のひとつ。明治17（1884）年に設立された大阪商船と、昭和17（1942）年に三井物産の船舶部門が分社化した三井船舶を前身とする。昭和39（1964）年、両社の合併により「大阪商船三井船舶」が誕生。社名はこの当時からの略称「商船三井」に由来する。平成11（1999）年、ナビックスラインとの大型合併を機に正式社名とした。